O programa concentra suas atividades em três linhas integradas: Sistemática e Evolução, Ecologia e Conservação, e Ecologia Aplicada — incluindo Ciência de Dados Aplicada à Biodiversidade.
Descoberta, descrição e caracterização de espécies, relações filogenéticas e história evolutiva. Aborda diferentes grupos de animais, plantas e microrganismos usando ferramentas morfológicas e moleculares.
Relações ecológicas entre organismos e seu ambiente, ameaças à sobrevivência de espécies, dinâmica de populações e comunidades. Foco em biologia da conservação e ecologia de paisagens.
Aplicação do conhecimento ecológico em problemas reais: sustentabilidade ambiental, mudanças climáticas, espécies invasoras, ecotoxicologia. Inclui pioneirismo em Ciência de Dados Aplicada à Biodiversidade.
Cada linha conta com docentes permanentes e dezenas de discentes desenvolvendo projetos inovadores.